W czasie II wojny światowej o losie niepodległej Litwy zdecydowała korekta postanowień paktu Ribbentop-Mołotow. 28 września 1939 r. III Rzesza i ZSRS porozumiały się w kwestii przesunięcia kraju z niemieckiej do sowieckiej strefy wpływów. W październiku 1939 r. litewski rząd przyjął ultimatum, godząc się na zainstalowanie na swoim terytorium sowieckich baz wojskowych, w zamian za przekazanie odebranego przez Sowietów Polsce Wilna i części Wileńszczyzny. Pomimo tych ustępstw, w czerwcu 1940 roku, na Litwę wkroczyła Armia Czerwona i okupacja stała się faktem. Wybrany w sfałszowanych wyborach parlament proklamował Litewską Socjalistyczną Republikę Sowiecką i uchwalił aneksję do ZSRS, którą propaganda sowiecka przedstawiała jako realizację swobodnie wyrażonej „prośby” ludności. Mieszkańców Litwy uznano za obywateli sowieckich. Uchwalono nową, wzorowaną na sowieckiej, konstytucję. Władzę sprawował podporządkowany ZSRS sekretarz partii komunistycznej Antanas Sniečkus. Rozpoczął się proces wcielania Litwy do ZSRS i stopniowej sowietyzacji, mającej upodobnić ustrój, prawo i gospodarkę do pozostałych republik. Nasilały się represje i prześladowania. W czerwcu 1941 r. władze sowieckie rozpoczęły masowe deportacje, których celem było spacyfikowanie inteligencji, uznanej za najbardziej świadomą i aktywną część społeczeństwa, a tym samym będącą centrum oporu wobec nowej władzy. Do ataku III Rzeszy na ZSRS, w głąb Związku Sowieckiego przesiedlono z Litwy około 30 tys. osób.

Sekretarz partii komunistycznej Antanas Sniečkus. Źródło: Kusurija, CC BY-SA 3.0, via Wikimedia Commons
W 1944 r. do wyniszczonego okupacją niemiecką kraju ponownie wkroczyła Armia Czerwona, a wraz z nią oddziały NKWD. Rozpoczęła się filtracja, mająca na celu wyłapanie przeciwników oraz zastraszanie ludności. Pod osłoną sowieckich bagnetów budowano sowiecki aparat administracji. W Moskwie powstało specjalne Biuro KC WKP(b), które kontrolowało partię komunistyczną w podległej republice. Nowe władze wprowadziły zmiany gospodarcze i społeczne, wzorowane na rozwiązaniach sowieckich. Zlikwidowano lub w dużym stopniu ograniczono inicjatywę i własność prywatną. Prześladowania na wielką skalę wymierzono w Kościół Katolicki. W latach 1946-1949 zesłano 350 księży. W 1953 r. na wolności pozostawał tylko jeden biskup. Działalność Kościoła została poddana ścisłemu nadzorowi, a jego mienie skonfiskowano. Mimo tej skali represji komuniści nie zdołali stworzyć lojalnego wobec siebie „kościoła narodowego”. W latach 1945-1946 władze sowieckiej Litwy zmusiły do wyjazdu ok. 200 tys. Polaków. W okupowanej Litwie komuniści rozpoczęli kolektywizację rolnictwa. Pomimo stosowania coraz mocniejszych środków nacisku, napotkała ona na gwałtowny sprzeciw chłopów i początkowo poniosła fiasko.
Już w 1944 r. powstał opór przeciwko okupantom. Przez konspirację przewinęło się 100 tys. osób (z tego połowa przez oddziały zbrojne). Licząca około 20 tys. osób dobrze zorganizowana partyzantka litewska (tzw. Leśni Bracia) walczyła o niepodległość do 1953 r. W latach 1944-1953 zginęło około 20 tys. działaczy konspiracyjnych. Opór społeczny Moskwa postanowiła zdławić za pomocą powszechnego terroru, represji i masowych akcji deportacyjnych. O ile początkowo represje dotykały głównie w kolaborantów III Rzeszy, szybko rozszerzyły się na inne grupy litewskiego społeczeństwa.
22 maja 1948 r. rozpoczęła się akcja „Wiosna”. Na podstawie sporządzonych wcześniej przez bezpiekę list, w ciągu 2 dni wywieziono w głąb ZSRS około 40 tysięcy osób. Ich majątki skonfiskowano. Ofiarami byli przede wszystkim chłopi, sprzeciwiający się kolektywizacji, rodziny członków podziemia zbrojnego, a także przeciwnicy nowego ustroju. W kolejnych latach wywózki objęły ponad 50 tysięcy mieszkańców Litwy. Dodatkowo na początku 1951 r. w obozach Gułagu przebywało około 43 tys. Litwinów.
Za pomocą represji i masowych wywózek udało się zastraszyć społeczeństwo. Deportacja około 70 tysięcy osób związanych z rolnictwem indywidualnym otworzyła drogę do kolektywizacji, która doprowadziła do zrujnowania litewskiego rolnictwa.
Pewną poprawę w położeniu sterroryzowanego i pogrążonego w nędzy społeczeństwa przyniosła śmierć Józefa Stalina w 1953 r. Kolejne zmiany na lepsze nastąpiły w roku 1956, gdy do kraju zaczęli powracać zesłańcy. W partii komunistycznej i administracji, przysłanych z Rosji, a nieznających języka litewskiego, aparatczyków, zaczęli zastępować Litwini. Mimo nieustającego zwalczania odrębności litewskiej lituanizacja nastąpiła także w instytucjach, szczególnie naukowych i kulturalnych. Ograniczone zmiany miały miejsce też w gospodarce. Pod koniec lat 50. zmniejszono obciążenia dla zmarginalizowanego, a mimo to o wiele bardziej wydajnego niż kołchozy, rolnictwa indywidualnego. Lata 60. przyniosły odrodzenie w kulturze litewskiej.
Biogramy
Sniečkus Antanas